肩こりの原因は一般的な筋肉の疲労によるものから、病気が原因で引き起こされる肩こりまでいろいろあります。

その中で一番多いものは全身を使わずに同じ筋肉を使い続けるためにおこる筋肉の疲労です。「長時間同じ姿勢を続けるデスクワーク」そしてそれとともに「机といすのアンバランス」「足を組んだり前かがみの姿勢」、寝る時に「枕が高すぎたり柔らかすぎたりして合わないこと」「寝転がってテレビを見る」「不良姿勢による長時間運転」など全身を使わずに同じ筋肉を使い続けることが肩こりを招く一番多い原因です。
また、肥満やなで肩、猫背、弱い筋肉など「肩こりを起こしやすい体型」や日常生活でのストレスや悩み、人一倍責任感強くまじめで几帳面な性格、長期間にわたる緊張した精神状態、内向的な性格やうつ病など「心因性のストレス」。メガネ・コンタクトレンズが合わないことや長時間パソコンのディスプレイを凝視すること、室内が乾燥しているなど「目の疲れ」が原因となる肩こりも考えられます。

そのほかに腕が上がらなくなったり、首を後ろや横に倒したりすると痛みが強くなったり、歩行障害など背骨や関節の異常による肩こりや頭痛、めまい、動悸、倦怠感、耳鳴りなどは病気が原因となる肩こりや生理異常、子宮筋腫、更年期障害など女性特有の病気が原因となる場合もあります。